Der Abstieg aus der NLB

Maurizio Jaccabacci der im Mai 2005 noch den sensationellen Ligaerhalt mit dem FC Baden gefeiert hat, hat dem FC Baden eine Absage für die neue Saison erteilt. Jacobacci fehlte die sportliche Perspektive bei Baden, dass heisst das Budget für die Bildung einer schlagkräftigen, ambitiösen Challenge League Mannschaft erschien ihm zu klein. Der FC Baden verpflichtet Thomas Wyss als neuen Trainer. Seine Bereitschaft, mit „wenig finanziellen Mitteln“ eine schlagkräftige Mannschaft zu bilden, half den Vereinsverantwortlichen bei der Entscheidungsfindung sehr.
Vor einer schönen Kulisse von 820 Zuschauern im Stadion Esp startet der FC Baden mit einem 1:1 Unentschieden gegen den FC Lugano in die Nationalliga B Saison 2005/2006. Es folgten 2 weitere Unentschieden, sowie der 1. Saisonsieg gegen La Chaux-de-Fonds. Man kann durchaus von einem positiven Saisonstart sprechen.
Die Mannschaft geriet aber anschliessend in eine Negativspirale und verlor die folgenden 4 Spiele. Nach dem 8. Spieltag und der 1:2 Niederlage gegen Luzern wurde Thomas Wyss als Trainer gefeuert. Michael Koller, der technische Leiter übernahm interim die Leitung. Mit 3 Siegen(einer davon im Schweizer Cup gegen Sursee) und einer Niederlage war er sehr erfolgreich. Leider hatte er das nötige Diplom nicht und so musste sich Baden nach einem neuen Trainer ausschauen. Kurz vor dem 12. Spieltag wurde Salvatore Andracchio als neuer Trainer vorgestellt. Nach dem kurzen Aufschwung folgte der Absturz. Bis zur Winterpause wurde nur ein Sieg und ein Unentschieden geholt, dem standen 4 Niederlagen gegenüber.
Auch die Rückrunde war nicht besser, so holte man in der gesamten Rückrunde nur 2 Siege, 5 Unentschieden und ging 10 Mal als Verlierer vom Platz. Trotzdem konnte man den Ligaerhalt immer noch aus eigener Kraft erreichen. Einen Spieltag vor Schluss vor 850 Zuschauern hätte man sich den Ligaerhalt mit einem Sieg gegen den SC Kriens sichern können. Baden hatte viele gute Chancen in Führung zu gehen, leider scheiterte man immer am guten Krienser Goalie. Dann kam die 91. Minute, der Schiedsrichter pfiff einen Penalty für Baden. Captain Luca Iodiche übernahm die Verantwortung und sein, leider schwach getretener Penalty, wurde eine sichere Beute für den Krienser Schlussmann. Aus war der Traum vom sicheren Ligaerhalt und somit kommt es zum «Showdown» am letzten Spieltag auswärts gegen Concordia Basel. Baden kann sich immer noch mit einem Sieg aus eigener Kraft noch retten.

Auf der Vereinswebseite stand damals dieser kurze Text:

So kam es am 14.05.2006 zum Finale. Baden spielte auswärts in Basel und der direkte Konkurrent FC Locarno spielte zu Hause gegen den FC Wil. Bei guten Bedingungen und gegen ein stark ersatzgeschwächtes Team von Concordia gelang dem FC Baden nicht viel. Es war nichts von grosser Nervosität und Anspannung zu spüren und auch nichts vom absoluten Willen, sich gegen den drohenden Abstieg zu retten. Concordia dominierte die Partie bis zum Schluss und so war die 1:3 Niederlage keine Überraschung. Da im Fernduell der FC Locarno den FC Wil ebenfalls mit 3:1 besiegt, steigt der FC Baden in die 1. Liga.
Nach 20 Jahren in der zweithöchsten Liga des Landes muss der FC Baden die nächste Saison also in der 1. Liga planen. In den letzten Jahren galt es, in erster Linie den Verein zu sanieren. Der FC Baden verfügte nie über die finanziellen Mittel, um „im Konzert der Grossen“ mitzuspielen. Der Abstieg hat bereits erste personelle Konsequenzen im administrativen Bereich des Vereins, denn die erst seit Februar 2006 neu geschaffene Stelle Verkauf/Marketing kann aus Kostengründen nicht aufrecht erhalten werden. Der Vertrag mit Trainer Andracchio wurde auch nicht verlängert.